吴启哲离开了《神奇女侠》世界，开始了新世界的旅程。
当他从时空之门走出来的时候，扫了一眼周围的坏境，竟然是一间厕所。
好吧，系统也太不给面子了，让他在一间厕所里面出现。
走到水槽边上放水洗手，看到镜子里的自己竟然年轻了许多，虽然早已经可以做到长生不老，但镜子里的自己却多了几分青涩少年的感觉，虽然还是一样的俊朗帅气，稍微自恋一下。
吴启哲走出厕所，外面竟然是走廊，来往都是少年学生，有男有女，心中了然，自己竟然来到了校园，他自己的身份已经呼之欲出，肯定是这所学校的学生。
吴启哲拿出系统查看了一下，自己竟然来到了《新世纪福音战士》，一个机甲的世界，一个以使徒为主的世界。
在《新世纪福音战士》中的使徒指类似人类而又优于人类的生命体。它们是由分散到世界个地的神的能源，经过14年的时间而产生的。作为人类的敌人，持有超科学的特殊能力与众多无法解开的谜，其外形由巨人型，鱼型，正八面体等无一相同。所有使徒都以第三新东京市为侵略的目标，因为那里有亚当的分身莉莉斯，当它们再度融合就会发生第三次浩劫。使徒的周身笼罩着“绝对领域”，现代化兵器无法伤它分毫。特别是它们的自我修复能力与自我增殖机能，使人类一切的战斗防御设施望尘莫及。使徒的固有波形信号呈蓝色，其物质构成与人类的遗传因子构成有 99.89%酷似的地方。唯一的弱点，可能是作为动力源的红色球体S^2机关，一旦破坏，使徒的行动中止。此红色球体有时在使徒体外，有时隐匿于体内，也有分离的记录。根据前后顺序使徒共分17位，各自以圣经天使的名字为它们命名。
而福音战士的通篇，又在围绕人类补完计划展开，虽然这个计划听上去就很扯淡。
关于“人类补完计划”及其内容，一直是福音战士动漫迷们争论的焦点，因为这个“计划”是整个故事的基础环节。然而，在动画片中却始终没有给出明确的答案。比较通行的观点是：人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，所以也就非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——成为永生的“神”。人类补完计划就是为了
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