刘协的母亲王美人，名王荣（后来追谥为“灵怀皇后”），是前五官中郎将王苞的孙女、王章之女，身姿容貌丰润美丽，聪明机敏而有才智，能书会计，以良家子的身份而且容貌合乎标准被选入掖庭，成为贵人。
在光和四年三月一日，王美人生下刘协。何皇后于是派人鸩杀王美人，（《续汉书》记载，三月八日，王美人口渴喝下米粥，之后去世。《汉献帝春秋》则记载刘协出生十多日后，何皇后妒杀王美人。）
汉灵帝勃然大怒，意欲将何皇后废黜，宦官们一齐为何皇后求情，汉灵帝才赦免了何皇后。
刘协这时尚未足月，归入掖庭，暴室啬夫朱直拥养，独择乳母。一年多后，灵帝之母董太后亲自抚养刘协。
因为汉灵帝数失皇子，他的儿子只剩下何皇后所生的皇子刘辩与王美人所生的刘协。刘辩从小寄养在民间一位姓史的道人家里，比刘协年长。
群臣曾上表请汉灵帝立太子，汉灵帝认为刘辩举止轻浮，没有威仪，不可以作为人主，但其母何皇后得宠，何皇后的哥哥大将军何进又位高权重，因此犹豫不决，一直未立太子。
刘协自小在永乐宫长大，由董太后悉心抚养，因此董太后多次劝灵帝立刘协为太子，何皇后也因此记恨董太后。
因为何进又与董氏相争，收捕骠骑将军董重，逼董太后回到河间，董太后忧怖而死。
何进谋诛宦官，事败，张让、段珪等宦官杀死何进，司隶校尉袁绍、虎贲中郎将袁术和何进的部将带兵反攻，一下子又杀宦官两千人。
张让、段珪等无力还击，劫持刘协和少帝刘辩逃出宫外。尚书卢植、河南中部掾闵贡赶来后，张让、段珪跳入黄河自杀。
刘辩和刘协在回宫途中，在北邙山迎面遇上董卓率领的陇西铁骑奔腾而来。刘辩见到这样的情形，吓得浑身哆哆嗦嗦，双腿战栗，口不能言。
当董卓问刘辩祸乱缘由时，刘辩口齿不清；问刘协时，刘协却对答如流。董卓认为刘协比刘辩贤能，又自认为和收养刘协的董太后同族。
于是从这时起，董卓就想废少帝，另立刘协为皇帝。
回到京城后，董卓的军队完全控制了局势。他先逼少帝策免司空刘弘，自己身居其位；接着，以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。
百官大惊失色，慑于董卓的淫威，谁也不敢表示反对。九月初一日，董卓宣布废黜少帝刘辩，立陈留王刘协为帝，是为献帝，改元永汉，从此，刘协开始了
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