自大陆攻略开始，元老院的许多机构就逐渐搬迁到广州，有些虽然总部没有迁徙，只在广州设立分支机构。但是业务繁多，所谓的分支日渐庞大，总部反倒成了类似留守处一般的存在。一些部门便开始了整体搬迁。
总参谋部和陆军部，是较早整体搬至大陆的元老院中央机构。按照1635年底大会的决定，中央各部门先在广州设立办事机构。然而随着军事斗争的持续深入，总参和陆军还是总体搬迁了。毕竟大陆攻略重点在地面战斗，总参谋部和陆军部却在海对面，这是不利于军事斗争的。
最初到大陆的时候条件非常有限。总参和陆军凑在一起，在广州城东的原明军校场落脚，四周用栅栏围起来，除了部分旧房之外，多数人搭帐篷办公。
野战状态持续了将近半年，由于大部分元老都被充实的一线部队去了，用帐篷也勉强凑合了。
自然，这么简陋的环境谁也吃不消，战争进入到相持阶段，联勤的洪主任便跑马圈地，
在广州东门外，紧邻珠江的地方圈了一块地，大致就是旧时空的达道路一带。用来建设新的指挥部。这次帐篷换成了简易房，原本的铁丝网＋竹篱笆也换成了正式的砖墙。之后，围墙上又增加了棱堡，配套的兵营、壕沟、炮台……纷纷建起来，成为拱卫广州的军事要塞，其内部的简易房也逐一改建成楼房。到1637年初，这个被暂时命名为“华南指挥部”的地方，终于拆除了所有的简易建筑。办公楼，有线电报，专用码头，宿舍，自来水塔，堆煤厂，锅炉房，澡堂等基础设施基本到位。成为陆军在广州的最大据点。
总参和陆军部也随之全部迁徙到了广州。随之而来的便是一些前期设置在香港的训练基地也纷纷迁往大陆，毕间，香港的条件还是太多的局限性，且水资源有限，在那里放置太多的大型机构，会与相影响各自的日常运作。
陆军和总参暂时还挤在一栋L型的三层楼里，但条件比起之前是大有改善。有元老开玩笑，要是敌对破坏份子，给这楼来一发火箭弹的，伏波军直接就半身不遂了。
在主要战事和剿匪战斗基本告一段落后，伏波军和国民军都进入了休整阶段，总参和陆军部的工作也就相对轻松起来，可以更多的着重于部队建设和整训工作了。
军队在差不多两年的大陆攻略和治安战中体现出了它作为元老院的头号吞金兽的价值。自然问题也暴露出不少。于是这些问题就演变成了对于军事体制是否需要变革和武器要不要升级换代的大讨论。
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