立统治的合法性，悍然撕破脸皮，直接从阿波国迎立了足利义晴的堂弟足利义维为将军，称之为阿波公方。
随后，其以足利义唯的名义宣布废黜义晴，改奉义维为新任的第十三代征夷大将军。
自此，日本畿内出现了极其而混乱的两将军并立局面。
对于这等大逆不道的废立之举，日本各地割据大名的态度却是耐人寻味。
西国霸主大内义隆表面上遵奉京都朝廷与新将军的名号，实则冷眼旁观，一心经营对西国和九州的攻略。
而北陆道的尾张，美浓诸豪强正陷于家督争夺或者与邻国火并，根本无暇顾及将军死活。
相模后北条氏、甲斐武田氏、越后长尾氏等东国雄主，更是对京都的变故避而不谈，视而不见。
各地大名在权衡利弊后，皆奉行谁掌京都便遵奉谁的实用原则，至于真正的将军是谁，他们并不在乎。
面对细川晴元的叛逆与天下大名的冷漠，足利义晴满腔悲愤。
他在这琵琶湖畔的坂本御所内日夜煎熬，频繁挥毫，向萨摩岛津、丰后大友、出云尼子、陆奥伊达等有力大名发去一道又一道盖有将军御玺的御内书，泣血陈词，号召天下勤王之师上洛讨逆。
然而，如雪花般散出去的御内书，换回来的大多只是言辞客套，推诿扯皮的回信，甚至连一兵一卒，一粒军粮都未曾送达坂本。
威望扫地的足利义晴身心交瘁，夜夜被失眠与剧烈的咳嗽折磨，形容日渐枯槁。
为了维持室町宗家最后的体面，他不得不将自己仅存的精神寄托于教导儿子菊童丸身上。
偶尔才接见少数尚且会前来坂本御所奉送微薄礼金的大名使者和地方遗臣。