终于完成了不朽的史学巨著《史记》。因《史记》据实记录，在称赞汉武帝功德的同时，也斥责汉武帝“内多欲而外施仁义”，汉武帝一见勃然大怒，将《史记》手稿付之一炬。
司马迁有一位叫任安的好友。因“戾太子事件”被斩。狱吏在搜查他的遗物时发现了一封司马迁写给他的书信，信中告诉任安，他之所以在蒙受奇耻大辱之后还能顽强地活下来，就是为了完成《史记》。汉武帝见信大怒，加上一伙宠臣的谗言，司马迁遭受迫害死去。
司马迁的夫人为了保住《史记》副稿，便让两个儿子身藏副稿逃回故乡韩城。临行时司马迁夫人泪流满面地说：“儿呀，你们一路小心，快快逃回家乡，将父亲的著述深藏龙门山中，好实现父亲的遗愿，留信史于后人。临儿，从今以后，你将司字左边加一竖，改为姓同;观儿，你将马字左边加上两点，改为姓冯，你们要尊兄爱弟，隐居龙门山中，好让我们司马氏一家留有后人。”从此以后，司马迁的子孙后代都姓同或者姓冯。这些都是后话。
很久以后汉武帝才知道李陵是因为无救援所致，他说：“李陵出塞之时，本来诏令强弩都尉接应，只因受了奸诈老将奏书的影响，又改变了诏令，才使得李陵全军覆没。”于是派使者慰问赏赐了李陵的残部。李陵在匈奴一年后，武帝派因杅将军公孙敖带兵深入匈奴境内接李陵。
公孙敖无功而返，但言捕得胡虏，供称李陵见宠匈奴，教他备兵御汉，所以臣不敢深入，只好还军。武帝本来追忆李陵，悔不该轻遣出塞，听了公孙敖的话信以为实，不觉大怒，遂命将李陵老母妻子一律处斩。李陵虽然有罪，但陵母及妻子实在不该处死。
又过一年，且鞮侯单于病死，儿子狐鹿姑继立，遣使至汉廷报丧。武帝派人往吊，李陵听说家属被戮，免不得诘问汉使。汉使即将公孙敖所言备述一遍，李陵作色道：“这是李绪所为，与我何干。”言下恨恨不已。
使者将李陵之语回报武帝，武帝才知误会，但悔之已晚。李绪也是汉人，官为塞外都尉，防守边城。匈奴来攻，李绪开城出降，单于待以客礼，常坐李陵之上。李陵自闻汉使之言，痛恨李绪教胡备兵累及老母娇妻，便乘李绪无备把他刺死。单于之母大阏氏听说后大怒，欲杀李陵。单于心爱李陵勇敢善战，将其藏匿北方，待大阏氏死后才回。单于将自己的女儿嫁给李陵，立之为右校王，从此与卫律一心事胡。卫律居内，李陵居外，都好似匈奴的夹辅功臣了。后人有诗叹道：
孤军转战奋余威，
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